Como vc faz para criar atalho dos aplicativos? vc utilizou a ferramentas icones no desktop? 
acho que para pasta vai ter que ser na unha, tenta o seguinte crie um arquivo no desktop com o conteudo:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Atalho para Imagens
Name[ru]=Открыть Папку
Name[fi]=Avaa kansio
Name[ja]=フォルダを開く
TryExec=pcmanfm
Exec=pcmanfm /home/tux/Images
NoDisplay=true
Terminal=false
Icon=folder-open
StartupNotify=true
Type=Application
MimeType=x-directory/gnome-default-handler;x-directory/normal;inode/directory;
#NotShowIn=GNOME;

no exemplo acima o pcmanfm /home/tux/Images faz o trabalho de abrir a pasta ou diretorio desejado.

Olá dmatrix, eu sei fazer atalhos pela interface gráfica e aprendi por meio desses arquivos ".desktop" também, mas para diretórios não estava dando certo, agora está, obrigado!

Para aplicativos que instalo via pacotes do tipo ".tar.gz" e afins, faço como fiz para o meu Firefox "Firefox.desktop":

[Desktop Entry]
Version=3.6
Type=Application
Categories=Network;
Name=Firefox
GenericName=Navegador
Comment=Navegador Firefox
Exec='/usr/share/firefox/firefox'
Icon=/usr/share/firefox/icons/mozicon128.png

E para adicionar o atalho nos menus do OpenBox, copiei o arquivo "firefox.desktop" para o diretório /usr/share/applications.

Abraço :)