Ставить на другой раздел, потом переносить вручную.

не то. Надо еще, чтобы шифрование от ядра шло. в Уб при установе есть такая аглка- шифровать ли пользовательские разделы. Что при этом радует - при накате потом на этот раздел нового дистрибутива со старым логином-паролем старый зашифрованный раздел "поднимается" - проверно на Минте и Уб.
И не факт, что шифрование доп-пакетом даст нужный эффект (см. выше).